基础医学一级学科始建于1958年，于1981年首次招收培养硕士研究生，至今已毕业硕士研究生数百人，为我校乃至国家医药卫生事业的发展做出了巨大贡献。

学科于2010年获批一级学科硕士授权点，2022年基础医学一级学科获批安徽省应用型高峰培育学科，病理学与病理生理学（分子医学基础与转化）2024年获批省级特色学科，现有人体解剖与组织胚胎学、免疫学、病原生物学、病理学与病理生理学4个二级学科，整合形成“神经退行性病基础与转化医学”、“分子医学表观调控”、“蛋白质结构与肿瘤”及“表观基因组学与疾病发生”等重点科研方向，拥有电镜中心、科研共享平台等公共科研平台，各类科研仪器设备一千余台（套），总值近亿元。近年来，学科秉承传统研究技术与平台优势，在粉螨生物学及转化应用、蛇毒活性成分的研发等方面研究成果丰硕，形成了特色研究方向并在学术领域产生重大影响。

目前，学科正以建设安徽省应用型高峰培育学科为契机，多措并举激发青年教师科研活力，积极组建科研创新团队。团队现有教授及研究员31人、副教授58人、博士61人、硕士生导师55人，拥有“特支计划”高校创新领军人才、省优青、省高校青年拔尖人才、省高校杰青、省高校优青等人才称号8人，先后获得安徽省教学成果一等奖4项、安徽省科技成果三等奖以上共3项。近五年，共获批国家级、省部级科研项目100余项，科研经费3000余万元；在《Nature》《PNAS》《Nature Aging 》等国际顶级杂志发表论文200余篇；获省部级科学技术奖11项，授权发明专利50余项。牵头制定我国日化行业首个衡量日化产品驱螨、抑螨和杀螨性能行业标准。